星間分子雲中で密度が高い領域を指す言葉。主要な成分である水素が主に水素分子状態（H₂ガス）で存在している星間分子雲の温度は絶対温度 10 K 程度であるため、水素分子成分を輝線で観測することは困難である。そのため、比較的多数存在している一酸化炭素（CO）分子の電波領域の回転遷移輝線などで主に観測される。分子雲コアはその電波輝線強度の高い領域に対応している。十分に密度が高い領域では、ガス中に存在している星間ダストが熱的に放射する連続波電波も観測される。分子雲コアの中心では星が生成されると考えられている。第一のコアも参照。